A fost creat în anul 1991, în calitate de filială a Muzeului Naţional de Etnografie şi Istorie Naturală, iar în mai 1995, este inaugurat ca „Muzeul Satului” oglindind satul basarabean din sec. XVIII-XIX. Muzeul găzduieşte monumente de arhitectură populară.
Primul monument amplasat la muzeu, în 1995, a fost moara de vânt din satul Opaci, raionul Căușeni, care a fost distrusă într-un incendiu din anul 2001 și, deocamdată, nu a fost restabilită. La ora actuală, complexul muzeal se mândreşte cu cel mai vechi monument ecleziastic din Republica Moldova, biserica de lemn adusă din satul Hirișeni, cu scopul de a fi restaurată şi îngrijită. A fost construită în anul 1642 şi este una dintre cele mai înalte biserici de lemn din ţară, având o înălţime de 27 de metri.